Vào mùa mưa lũ, nhiều khó khăn phát sinh do môi trường nuôi thủy sản biến động. Môi trường thay đổi đột ngột và ô nhiễm làm thủy sản nuôi bị yếu do sốc, dẫn đến bỏ ăn, thậm chí bị chết do nhiễm dịch bệnh:

Chất lượng con giống nói chung và của cá tra nói riêng là một thành tố rất quan trong, có ý nghĩa rất lớn quyết định đến hiệu quả của nghề nuôi.